Por primera vez, especialistas del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) lograron describir toda la información genética de las vizcachas, un mamífero característico de Argentina.
El equipo de investigadores estuvo conformado por Patricia Saragüeta, Francisco Pisciottano y Clara Campos, quienes son parte del Instituto de Biología y Medicina Experimental (IBYME, CONICET). Para obtener el genoma, utilizaron la técnica de secuenciación High – Throughput chromosome conformation capture (Hi-C, método de captura de la conformación de los cromosomas en español).
Toda la información genética de una especie está almacenada en el genoma, más conocido como ADN. Ubicado en el núcleo de todas las células del cuerpo, está integrado por muchos cromosomas que contienen múltiples genes que codifican para diferentes tipos de informaciones o datos.
La vizcacha, o Lagostomus maximus es uno de los roedores que viven en el país. Habita las llanuras sudamericanas, desde el norte de la Patagonia, a lo largo de la región pampeana y hasta el sur de Bolivia y Paraguay. Es una especie emblemática de gran valor simbólico, que fue retratada tanto en la literatura popular como en textos naturalistas, como los de William Hudson.
La secuenciación del genoma de la vizcacha se llevó a cabo en el marco del consorcio internacional DNA Zoo. El mismo está dirigido por Erez Lieberman Aiden y Olga Dudchenko, investigadores del College of Medicine en Houston, Texas, al cual pertenece el equipo. El objetivo de este consorcio es crear una base de datos de genomas animales mediante la técnica de secuenciación Hi-C.
El proceso de descifrar un genoma
A través de un comunicado, la investigadora Saragüeta explicó: “Conocer los genomas de todas las especies sirve para estudiar la asociación que existe entre las características que aparecen en la especie y la información que ésta posee”. En particular, el genoma de la vizcacha no había sido secuenciado hasta ahora.
En primer lugar, les investigadores se contactaron con el Centro de Estudios Biomédicos Básicos, Aplicados y Desarrollo (CEBBAD), dirigido por Alfredo Vitullo. El mismo les proporcionó la muestra necesaria para realizar la investigación. Se trata del material genético de una hembra adulta de la llanura argentina.
Con el objetivo de descifrar las interacciones entre las diferentes regiones de los genomas, utilizaron la técnica Hi-C. Esto les permitió conocer las conexiones de un gen con otras zonas del genoma encargadas de regular y promover la activación de ese gen. También utilizaron la información de las interacciones físicas del ADN en el núcleo para lograr mejores ensamblados de los genomas, respecto de los métodos tradicionales.
Según indicó Saragüeta, se logró “una secuencia de principio a fin de cada cromosoma”. Según la científica, “no existen este tipo de calidad de genomas en Argentina” y “el genoma de la vizcacha es el primero a nivel nacional y la primera contribución argentina al consorcio DNA Zoo”.
La importancia del genoma de las vizcachas
Al igual que otros roedores, las vizcachas de la Patagonia Norte tienen el hábito de recolectar “recuerdos” en sus heces. En sitios como la Cueva del Huemul, funcionan como una especie marcadora en paleoecología. Esta disciplina científica permite conocer la evolución de las especies, el ambiente y el clima de una región a través del tiempo.
Sin embargo, es muy difícil determinar las especies de roedores que habitaban estas cuevas. Por eso, la información genómica podría contribuir a precisar la presencia de la vizcacha a través del ADN de su materia fecal. Además, su genoma podría brindar información beneficiosa para varias disciplinas científicas: “Puede ser útil tanto para un fisiólogo que se interesa por saber cómo es la reproducción de la vizcacha, como para un paleontólogo que necesita corroborar la presencia del mamífero en determinado territorio”, destacó la investigadora.
“A la hora de trabajar con la información genética asociada a las características particulares de una especie, las limitaciones no solo provienen de la calidad de secuenciación del genoma y el ensamblado del mismo, sino también del anotado”, explicó Pisciottano. En esa línea, Campos señaló que “contar con un genoma de alta calidad, ensamblado a nivel de cromosoma, nos permitirá conseguir un anotado de igual calidad”.
Por último, Saragüeta destacó la importancia del trabajo en equipo y entre equipos. “Lo que se viene es la ciencia colectiva. Dejar de lado los éxitos personales en pos de conseguir resultados más coordinados”, reflexionó.